Que penser du coronavirus ?

@chatdoc c'est la plus récente et confirme se que je dis depuis le début... Un virus qui joue au yoyo entre les animaux et l'homme pendant 6 ans et fini par acquérir une mutation plus contagieux... Après le brassage avec un coronavirus humain... Qui peut être apparue par zoonose naturel ou artificielle comme pour Omicron qui avait les traces d'un passage par des souris de laboratoire...

La partie de discussion traduite par Google

phylogéographique que les virus de chauve-souris de type SARS-CoV-2 ( n = 31). Bien qu'il existe des virus étroitement liés au SARS-CoV dans la plupart des NRR, les virus sont relativement plus divergents dans les NRR qui chevauchent le gène Spike ( Figure 1 ). Cette divergence relativement plus grande suggère que les gènes Spike qui peuvent se lier aux récepteurs d'entrée non liés aux chauves-souris circulent à des fréquences plus faibles dans les populations sauvages de chauves-souris en fer à cheval et sont donc moins susceptibles d'être échantillonnés.

Français Depuis l'émergence du SARS-CoV-1 et du SARS-CoV-2 chez l'homme, les descendants des virus de chauve-souris qui leur ont donné naissance ont connu des années d'évolution et se sont presque certainement recombinés avec des lignées encore non échantillonnées de l'arbre des sarbécovirus. Par conséquent, nous ne devrions pas nous attendre à trouver l'ancêtre direct du SARS-CoV-1 ou du SARS-CoV-2 circulant chez les chauves-souris sauvages dans les futurs échantillonnages. Bien que la recherche et les analyses de sarbécovirus apparentés au SARS-CoV-1 et au SARS-CoV-2 se soient souvent concentrées sur des génomes partiels, généralement la protéine RdRp, 13 , 51 , 52 , 53 , 54 , 55 les futurs efforts de séquençage devraient systématiquement viser les séquences du génome entier pour détecter et caractériser tous les fragments génomiques descendant d'ancêtres étroitement apparentés. Les segments non recombinants de ces génomes mosaïques sont des pièces d’un puzzle complexe qui sont essentielles pour comprendre l’émergence passée et future du SRAS-CoV dans la population humaine.

Limites de l'étude

En raison de l'insuffisance du signal temporel lors de l'étalonnage d'une horloge moléculaire par datation des pointes de sarbécovirus prélevés sur des chauves-souris et des pangolins, nous avons dû étalonner l'horloge à l'aide des génomes du SARS-CoV-1 et du SARS-CoV-2 issus de virus prélevés sur des humains et des civettes. Les NRR rapportés ici sont basés sur des histoires évolutives distinctes déduites pour les génomes des sarbécovirus, mais, en raison de la nécessité d'un signal détectable, ils représentent probablement une estimation inférieure de l'ampleur de la recombinaison probable entre ces virus. Les reconstructions phylogéographiques sur des histoires évolutives profondes ne peuvent saisir que des schémas généraux et font nécessairement abstraction de dynamiques de populations et d'habitats potentiellement complexes. En raison de l'absence de virus de chauve-souris échantillonnés plus près des lieux d'émergence du SARS-CoV-1 et du SARS-CoV-2, la localisation des ancêtres de virus de chauve-souris les plus proches déduits pourrait être biaisée en faveur des endroits où des virus publiés et étroitement apparentés ont été échantillonnés. Français De même, l'absence d'échantillonnage et de publication de sarbécovirus dans des régions proches et potentiellement difficiles d'accès limite notre compréhension de l'écologie plus large de ces virus. Même si les efforts d'échantillonnage ciblaient davantage de régions, l'excrétion virale par l'hôte variera au fil du temps, car elle est susceptible d'augmenter pendant les périodes de stress métabolique accru, comme la grossesse ou l'allaitement. Par conséquent, la détectabilité variera au cours de l'année et il pourrait y avoir des biais d'échantillonnage temporel. Cependant, l'absence d'échantillonnage de sarbécovirus de chauve-souris très étroitement liés au SARS-CoV-1 et au SARS-CoV-2 dans et autour de leurs provinces d'émergence, malgré un échantillonnage accru de virus de chauve-souris dans ces régions, 13 , 25 , 26 suggère que nos résultats ne sont pas uniquement le résultat d'un biais de vérification. Un échantillonnage supplémentaire de sarbécovirus étroitement liés, des améliorations méthodologiques dans la démêlage des schémas de recombinaison complexes et un meilleur étalonnage de l'horloge moléculaire peuvent permettre de déduire des tendances spatio-temporelles et des schémas de recombinaison plus détaillés, ainsi que des histoires évolutives plus complètes de chaque NRR.

Manque le début pas copier... Désolé pas facile avec un téléphone...

Discussion

En reconstituant l'histoire évolutive des sarbécovirus tout en tenant compte de la recombinaison, nous montrons que les ancêtres du SARS-CoV-1 et du SARS-CoV-2 ont probablement circulé dans des populations de rhinolophes à des centaines, voire des milliers de kilomètres des sites d'émergence de ces virus chez l'homme, et ce, jusqu'à un à six ans avant cette émergence. Nos résultats indiquent que l'ancêtre direct du virus de chauve-souris n'a pas eu suffisamment de temps pour atteindre les sites d'émergence des SARS-CoV humains par la seule dispersion normale des populations de chauves-souris.

Français Les sarbecovirus subissent une recombinaison importante et ont tendance à partager des points de rupture dans des régions spécifiques du génome, appelés points chauds de recombinaison. 4 , 35 Les comparaisons de segments sous-génomiques non recombinants, lorsque moins de données étaient disponibles auparavant, suggéraient qu'il pourrait y avoir eu des décennies de séparation entre l'ancêtre le plus proche du virus de chauve-souris et chacun des SARS-CoV. 6 , 36 Cependant, la datation de l'ancêtre le plus proche déduit à travers des régions sous-génomiques non recombinantes couvrant l'ensemble du génome après avoir calibré une horloge moléculaire au niveau de chaque région révèle une ascendance beaucoup plus récente entre les SARS-CoV et leurs parents circulant chez les chauves-souris. Les fragments non recombinants doivent donc être analysés de manière exhaustive pour bien comprendre l'émergence des SARS-CoV humains. 5 , 6 Nous montrons également ici que l'ajout de nouveaux génomes à la reconstruction ancestrale tenant compte de la recombinaison a amené l'identité de séquence de l'ancêtre commun recombinant de chaque SARS-CoV à son virus humain respectif à plus de 98 % d'identité génétique.

L'approche phylogéographique mise en œuvre ici fournit des informations importantes sur le vaste mouvement historique des sarbecovirus à travers la Chine et l'Asie du Sud-Est. Notre analyse confirme que les virus de type SARS-CoV-1 et SARS-CoV-2 circulent chacun dans ces régions depuis au moins des dizaines, voire des centaines de milliers d'années. Inversement, l'espèce de chauve-souris endémique au Japon connue pour héberger des sarbecovirus, R. cornutus , et son espèce continentale la plus proche phylogénétiquement infectée par des virus de type SARS-CoV-2, R. pusillus , auraient partagé un ancêtre commun il y a 13,3 millions d'années. 37 Cette séparation beaucoup plus ancienne entre les espèces hôtes indique que les virus n'ont pas strictement co-divergé avec ces espèces de chauves-souris. Nous constatons que, dans l'histoire plus récente, les lignées virales se diffusent à un rythme similaire à celui des rhinolophes. Français Ces chauves-souris ont généralement de petits domaines vitaux (2 à 3 km 2 de déplacement par nuit en moyenne), sont rarement migratrices, 32 , 38 et ont une capacité de dispersion limitée avec peu de preuves de migrations plus longues, ces preuves se limitant aux espèces des régions tempérées plutôt que tropicales. 39 , 40 Après avoir pris en compte la recombinaison, les ancêtres les plus proches des virus de chauve-souris du SARS-CoV-1 et du SARS-CoV-2 sont supposés avoir circulé dans des régions s'étendant du nord du Laos à l'ouest de la Chine. De plus, notre examen des effets de taxons hypothétiques non échantillonnés sur les reconstructions phylogéographiques suggère que notre inférence de l'emplacement des ancêtres les plus proches des virus de chauve-souris et de leurs vitesses de dispersion relatives est robuste plutôt qu'un sous-produit du sous-échantillonnage.

On pense que le SARS-CoV-1 a été transmis des chauves-souris de la province du Yunnan à la province du Guangdong via des hôtes mammifères intermédiaires. 15 Le mouvement des civettes palmistes ( Paguma larvata ) et des chiens viverrins ( Nyctereutes procyonoides ) dans le cadre du commerce d'animaux sauvages et d'élevage a été impliqué dans l'émergence du SARS-CoV-1, 41 suggérant que le transport par l'homme de ces animaux infectés peut permettre aux lignées virales de se déplacer plus rapidement que leurs hôtes chauves-souris. Français Étant donné (1) l'émergence présumée du SRAS-CoV-1 par le biais du commerce d'animaux, (2) la récence et la localisation de l'ancêtre le plus proche déduit par rapport au SRAS-CoV-2, (3) la vitesse de dispersion constamment relativement élevée associée au SRAS-CoV-2, et (4) la preuve claire que l'épicentre de la pandémie de SRAS-CoV-2 se trouvait dans l'un des quatre seuls marchés de Wuhan qui vendaient des animaux sauvages vivants provenant d'espèces de mammifères hôtes intermédiaires plausibles, 42 , 43 , 44 l'ancêtre le plus proche déduit ou l'ancêtre direct du SRAS-CoV-2 s'est probablement déplacé d'une zone de la province du Yunnan ou de ses environs vers la province du Hubei, via le commerce d'animaux sauvages et d'élevage.

Notre modèle phylogéographique suppose que les sarbécovirus de chauve-souris et d'humain évoluent à des rythmes similaires. Si les virus de chauve-souris ont des rythmes d'évolution plus lents que ceux déduits ici, les ancêtres les plus proches des virus de chauve-souris déduits ont probablement circulé plus tôt. Cependant, si cela était vrai, il y aurait une diminution concomitante de leurs taux de propagation déduits et, par conséquent, il ne leur resterait pas suffisamment de temps pour atteindre les zones d'émergence de leurs SARS-CoV respectifs.

Les taux de diffusion à peu près similaires entre les lignées virales et les rhinolophes suggèrent que ces virus sont capables de se déplacer rapidement et efficacement entre différentes populations de rhinolophes. Si la circulation virale était limitée à chaque population de chauves-souris, avec une transmission minimale des souches à d'autres chauves-souris, on s'attendrait à un coefficient de diffusion considérablement plus faible pour les virus, mais il existe un chevauchement important entre les coefficients de diffusion de la lignée virale et des chauves-souris. Par conséquent, les sarbécovirus sont probablement transmis entre des populations denses de chauves-souris de différentes espèces de rhinolophes. Cette observation est également corroborée par les niveaux élevés de recombinaison des sarbécovirus de chauves-souris, nécessitant une co-infection et une co-circulation fréquentes de souches virales distinctes au sein d'une population donnée. La transmission virale est susceptible de se produire lors des déplacements réguliers des rhinolophes entre leurs gîtes, notamment lorsque les changements de gîte ont tendance à se produire pendant la saison de reproduction, ou lorsque les chauves-souris se déplacent ou migrent vers des hibernacles. 33 , 45 De plus, dans les hibernacles, les rhinolophes se perchent dans des agrégations très denses avec différentes espèces, 46 offrant un potentiel de débordement entre les espèces de chauves-souris tandis que les fonctions corporelles sont régulées à la baisse et que les températures corporelles peuvent atteindre des niveaux très bas. 46 , 47 L'hétérothermie pendant l'hibernation et les températures variables entre les espèces peuvent également avoir un impact sur la vulnérabilité aux agents pathogènes, car les processus métaboliques sont régulés à la baisse pendant cette période. 48 , 49

Malgré des preuves limitées de déplacements sur de longues distances des rhinolophes, il existe plusieurs dispersions de lignées virales sur de relativement longues distances entre les nœuds des phylogénies. Ces nœuds géographiquement éloignés représentent donc probablement un manque d'échantillonnage de sarbecovirus dans les zones situées entre les sites éloignés plutôt que des déplacements de chauves-souris sur de longues distances, bien que cela puisse également indiquer une dispersion d'espèces de chauves-souris conspécifiques plus migratrices, telles que Chaerephon , qui peut partager des gîtes, ou Hipposideros , qui peut se disperser sur de plus longues distances et est phylogénétiquement proche des Rhinolophidae. Par exemple, les branches internes de l'arbre de type SARS-CoV-2 représentent un mouvement de l'est de la Chine (Zhejiang) vers l'ouest (Yunnan), vers la Thaïlande et le Cambodge ( Figure 4 H). Il existe probablement de nombreux autres virus de type SARS-CoV-2 encore inconnus qui permettraient de combler le fossé géographique entre ces régions (par exemple, dans le nord du Vietnam, au Guizhou et au Guangxi), car la diversité des chauves-souris reste élevée dans ces régions, de sorte qu'un échantillonnage accru dans les régions sous-explorées et sous-échantillonnées serait utile ( Figure 4 B).

Français Bien que les aires de répartition des chauves-souris en fer à cheval s'étendent sur la majeure partie de la Chine, la richesse spécifique diminue à mesure que les latitudes augmentent, 27 , 50 et l'échantillonnage des virus chez les chauves-souris a été largement limité aux zones à plus forte biodiversité, notamment la province du Yunnan en Chine et le Laos. De plus, d'autres grandes zones à forte diversité, comme le nord du Vietnam, restent non échantillonnées et abritent une communauté similaire d'espèces de chauves-souris. Les virus de chauve-souris de type SARS-CoV-1 sont toujours mieux représentés ( n = 134) et ont donc une meilleure résolution phylogéographique que les virus de chauve-souris de type SARS-CoV-2 ( n = 31). Bien qu'il existe des virus étroitement liés au SARS-CoV dans la plupart des NRR, les virus sont relativement plus divergents dans les NRR qui chevauchent le gène Spike ( Figure 1 ). Cette divergence relativement plus grande suggère que les gènes Spike qui peuvent se lier aux récepteurs d'entrée non liés aux chauves-souris circulent à des fréquences plus faibles dans les populations sauvages de chauves-souris en fer à cheval et sont donc moins susceptibles d'être échantillonnés.

@Zen86200

Bizarre que vous ayez commenté avant de lire . .

Et, « Ou trouvez que la suite est politisée ? Et vous lorsque vous parlez de complot, c’est très politisé comme les sites de très nombreux de vos liens . . !! »