Le French Gut : la plus grande étude sur le microbiote intestinal des Français

Le microbiote, un acteur clé encore mal connu

Notre intestin abrite environ 50 000 milliards de bactéries, soit autant que de cellules humaines dans le corps. Ces micro-organismes portent plus de 600 000 gènes, contre environ 22 000 gènes humains : nous sommes, à bien des égards, aussi microbiens qu'humains. Ce microbiote intestinal joue un rôle essentiel dans la digestion, l'immunité, et interagit avec des organes comme le foie, le cerveau ou les poumons.

Or, de nombreuses maladies chroniques sont associées à un déséquilibre de cet écosystème : diabète, obésité, cancers, maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI), dépression, Parkinson, Alzheimer... Un enjeu de taille quand on sait que, selon l'OMS, une personne sur quatre était concernée par une maladie chronique en 2025, et que les cancers chez les moins de 50 ans ont bondi de 80 % en trente ans.

Un projet d'ampleur, à l'échelle de la France entière

Concrètement, Le French Gut vise à collecter 100 000 échantillons d'ici 2029 : 90 000 chez des adultes et 10 000 chez des enfants et adolescents, en bonne santé comme malades, partout en France hexagonale. Fin aout 2026, le projet comptait déjà 41 000 participants adultes inscrits et 10 000 échantillons séquencés ; l'objectif est d'atteindre 50 000 participants inscrits et 20 000 séquençages d'ici fin 2026.

La participation est simple, gratuite, non invasive et se fait à domicile :

1. Inscription sur www.lefrenchgut.fr
2. Un questionnaire sur les habitudes alimentaires et la santé
3. Un don de selles à l'aide d'un kit de collecte envoyé par la poste

Les données sont analysées par les chercheurs afin de mieux comprendre les profils de microbiote de personnes en bonne santé mais aussi d’augmenter les connaissances sur le lien microbiote et maladies chroniques afin d’ouvrir la voie au développement de nouvelles thérapies pour aider la médecine à mieux les soigner. Les données sont également croisées avec le Système National des Données de Santé (SNDS), pour analyser finement les liens entre microbiote et santé, avec un suivi prévu sur 20 ans permettant d’identifier des marqueurs prédictifs microbiens de l’apparition des maladies chroniques.

Ce que révèlent déjà les premiers résultats

Les premières analyses, portant sur les participants adultes, dessinent un tableau instructif :

• 29 % des participants déclarent au moins une maladie chronique, et près de la moitié d'entre eux en cumulent plusieurs. Parmi les pathologies les plus citées : hypertension artérielle (17 %), maladies digestives comme le syndrome de l'intestin irritable, les MICI ou le RGO (16 %), maladies respiratoires (9 %) et maladies systémiques comme le lupus ou la polyarthrite rhumatoïde (11 %). Douze types de cancers ont également été rapportés, les plus fréquents étant les cancers du sein, de la prostate, de la peau et du côlon.
• La diversité microbienne — un indicateur clé de bonne santé intestinale — diminue avec le nombre de maladies chroniques cumulées.
• Même chez les personnes sans maladie déclarée, le stress et les symptômes digestifs fréquents sont associés à une diversité microbienne plus faible.
• Cette diversité semble aussi refléter le mode de vie global (activité physique, alimentation, alcool, IMC, tabac) et diminuer avec l'âge, avec un point d'attention particulier avant 30 ans.
• Trois grands profils de microbiotes intestinaux se dessinent parmi les participants, selon la dominance de familles bactériennes comme Bacteroides, Prevotella ou Firmicutes.

Le French Gut Kids : combler un angle mort de la recherche

Si l'acquisition du microbiote durant les trois premières années de vie a déjà fait l'objet de nombreuses études, la tranche 3-17 ans reste, elle, largement inexplorée. C'est pour combler ce manque qu'est né en 2025 Le French Gut Kids, extension pédiatrique du projet Le French Gut visant 10 000 jeunes participants, en bonne santé ou malades, représentatifs de toutes les tranches d'âge et de toutes les régions.

Les objectifs sont multiples : caractériser la diversité du microbiote chez les jeunes, étudier l'impact de l'alimentation et de l'environnement familial, comprendre la transmission des bactéries de parent à enfant, et explorer les liens avec des pathologies fréquentes à cet âge (asthme, allergies, maladies intestinales...). Comme pour les adultes, la participation repose sur une inscription en ligne, des questionnaires (parents et enfants) et un don de selles à faire avec les parents.

« Avec Le French Gut Kids, nous franchissons une nouvelle étape : explorer la dynamique du microbiote chez les enfants et adolescents, pour agir plus tôt et mieux sur la santé de demain », souligne le Pr Robert Benamouzig, investigateur coordinateur du projet.

Sensibiliser aussi les plus jeunes

Au-delà de la recherche, Le French Gut mise sur une communication pédagogique et grand public : vidéos, podcast La voix des intestins, campagne de sensibilisation enfants « Mes microbes du ventre », application interactive en réalité augmentée, brochure et kit pédagogique pour les écoles élémentaires. Une tournée 2026 a été réalisée au printemps 2026 dans plusieurs hôpitaux pédiatriques de l'AP-HP (Robert-Debré, Necker-Enfants malades, Armand Trousseau) ainsi qu'un événement grand public gratuit à Paris du 10 au 15 juin 2026. Pour faire découvrir le microbiote à vos enfants : https://lefrenchgut.fr/espace-kids/

Le projet est aussi porté par des ambassadeurs, médecins, scientifiques et personnalités comme Michel Cymes ou Marine Lorphelin qui relaient l'importance de la recherche sur le microbiote auprès du grand public.

Pour voir leurs vidéos :

Marine Lorphelin : https://youtu.be/3Ksrv6OC-Vg

Michel Cymes : https://www.youtube.com/shorts/woHSqyjXjNI?feature=share

Et si vous faisiez, vous aussi, avancer la recherche ?

Nous avons tous un microbiote intestinal, et chacun peut contribuer à mieux comprendre son rôle dans notre santé. Vous pouvez participer au projet Le French Gut en donnant un échantillon de selles et ainsi contribuer à la constitution d’une vaste base de données française sur le microbiote intestinal. Inscrivez vous au projet sur notre site internet https://lefrenchgut.fr/

Vous pouvez également soutenir le projet par un don financier, pour permettre aux équipes de recherche de poursuivre leurs travaux, directement par notre plateforme https://don.lefrenchgut.fr/

Et un message particulier aux hommes : votre participation compte ! Les hommes sont encore trop peu représentés dans le projet. Pourtant, la santé masculine mérite elle aussi d’être mieux étudiée. En participant au projet Le French Gut, vous contribuez à ce que la recherche puisse mieux prendre en compte les différences entre les femmes et les hommes mais aussi pour les générations à venir.

Chaque microbiote compte ! Enfants, parents, familles, chaque participation fait avancer la recherche.
Rejoignez le French Gut et contribuez, vous aussi, à faire progresser les connaissances sur le microbiote et la santé.

Toute personne majeure résidant en France, malade ou non, peut y participer gratuitement, tout comme les familles avec enfants dans le cadre de French Gut Kids.